Die sogenannte Unreine Seite ist für die Annahme der benutzten und kontaminierten Medizinprodukte vorgesehen. Hier werden diese vorgereinigt und auf die entsprechenden Bestückungswagen platziert. Diese werden dann in großen Reinigung- und Desinfektion-Geräten (RDG) gereinigt und bei einer Temperatur von 90°C desinfiziert und dann getrocknet. Dieser Prozess läuft automatisiert ab und dauert etwa eine Stunde. Die Unreine Seite ist mit drei Miele RD-Geräten ausgestattet, ein Ultraschall-Becken von der Firma Bandelin und Spülbecken zum Vorreinigen.

Im sogenannten Reinen Bereich werden die Instrumente aus den RDG entnommen, auf Funktion und Unversehrtheit geprüft, mit speziellen Pflegemitteln versehen und dann nach bestimmten Packvorgaben verpackt. Dieses kann einzeln oder mit verschiedenen anderen Instrumenten auf einem Sieb sein. Nach der Verpackung werden die Medizinprodukte in einen Dampfsterilisator gegeben. Im Inneren werden die Instrumente nach einem festgesetzten Programm bei einer Temperatur von 134°C mit Dampf sterilisiert. Das Programm dauert etwa eine Stunde. Der Reine Bereich ist mit drei Packtischen, zwei Siegelnahtgeräten der Firma MMM, zwei Dampfsterilisatoren von MMM und diversen Testgeräten für Optiken und HF Kabeln ausgestattet.

Im sogenannten Sterilen Bereich werden nach Ablauf des Programmes des Dampfsterilisators die fertig sterilen Instrumente für die nächsten Operationen freigegeben. Dieses beinhaltet unter anderem die Überprüfung der Prozessparameter vom Sterilisator, Unversehrtheit der Verpackungen.